截至10月中旬，该团队已经发现，许多地方的水中含有大肠杆菌和肠球菌等粪便细菌的含量是国家安全阈值的6到10倍。这些细菌会导致尿路感染、危及生命的心脏炎症和其他严重感染。

　　据美国国家海洋和大气管理局(National Oceanic and Atmospheric Administration)称，截至11月1日，被称为短卡列氏藻(Karenia brevis，俗称红潮)的微观藻类的浓度也高到足以导致查莱特、李和萨拉索塔县的人出现呼吸问题。

　　“从萨拉索塔湾南部到那不勒斯，水中的细菌水平普遍升高，远远超过了我们水道中细菌的标准，”佛罗里达大学海岸解决方案中心(University of Florida 's Center for Coastal Solutions)主任克里斯汀·安杰利尼(Christine Angelini)说。该中心是CHNEP收集数据的合作伙伴之一。

　　在佛罗里达，食肉细菌紧随伊恩飓风而来

　　此外，她说，过量的营养物质和垃圾正在消耗主要水道的氧气水平，如和平河，这可能导致对该州经济非常重要的鱼类的大规模损失。

　　伊恩的暴雨和史无前例的风暴潮使本已脆弱不堪的污水处理系统雪上加霜。佛罗里达州的废水处理系统严重依赖电动“升降机站”，它将废水从大约10英尺深的沟渠中泵到地面上的净化工厂。这些站点价格低廉，在浅深度处使用较小的管道。

　　“我们没有太多的地形，”南佛罗里达大学(University of South Florida)土木与环境工程教授萨里娜·厄加斯(Sarina Ergas)说。“这是很平的。”

　　这就是佛罗里达州需要将污水泵入处理厂的原因。

　　但一个缺点是，泵通常依赖电力运行。伊恩之后，数百万佛罗里达人断电。环保署说，如果电力供应中断，就会“中断”废水处理的“正常运行”，并导致“升降机站上游”积水。

　　逐小时分析显示了飓风伊恩之前县的延误造成的损失

　　当伊恩在奥兰多东北部的梅特兰市造成停电时，水泵无法运转，产生了大量的水，周围地区无法容纳。结果，15万加仑未经处理的废水流入了水体。

　　空间站有时会有备用发电机，但伊恩发现备用发电机并不总是可靠后不久，联邦事故报告就提交了。北迈尔斯堡的一个辅助泵耗尽了燃料，由于伊恩的残骸，需要很长时间才能补充。坦帕湾的备用发电机在运行了几个小时后意外关闭。奥兰多附近的另一辆汽车在年度预防性维护结束两周后就关闭了。